《X战警：逆转未来》的故事发生在并不遥远的未来，X战警遭遇了史上最大的生存危机，他们必须回到过去拯救自己的命运。X战警：逆转未来中玩家在故事剧情的引导下，将扮演主角金刚狼罗根，穿越时空开始艰辛的旅程。

　　在不久的未来，他们都被“特拉斯克工业”创始人玻利瓦尔·特拉斯克所制造并指挥的新型特种战斗机器人“哨兵”机器人所猎杀，哨兵机器人可以检测出任何形式的变种类型，而他们的基因则能够让他们瞬间变换和改造自身，从而击败甚至灭绝X战警。

　　X战警的唯一希望，便是回到过去，在特拉斯克的研究最终导致他们的灭绝之前，改变历史。