《机械巫师》以未来火星为游戏背景，水源开始枯竭，为争夺水源，战争日益激化。主人公作为能召唤雷电进行攻击的魔法师有着一段灰暗的过去，并踏上了自己独立冒险之旅。在游戏的冒险旅途之中，会遇见各种各样的伙伴，可以从中挑选出合适的伙伴一同进行冒险。